L’association s’est donnée pour objectifs de soutenir les actions des bergers ; de préserver la biodiversité ; de favoriser la concertation et la sensibilisation de tous les acteurs (éleveurs, bergers, touristes, consommateurs, élus…) et enfin, de pouvoir s’adonner à des activités artistiques et culturelles sur l’alpage (concerts, expos, etc.).

Depuis 2011, l’association des Bergers du Jura franco-suisse accueille des compagnons pour des expériments courts au plus près de la nature.

Lors d’un expériment chez un berger ou une bergère membre de l’association, les compagnons sont amenés à prendre part aux travaux quotidiens : surveillance et soins au troupeau (essentiellement bovins), entretien du pâturage (élimination des plantes indésirables …), des clôtures et du patrimoine bâti (murets, citernes …), et dans certains alpages accueil touristique et activités culturelles et artistiques.
Le cadre est idéal pour camper et randonner de mai à septembre, et pour une durée minimale d’un week-end.